Het orgel dateert van de bouw van de Pelikaankerk in 1932. De bouwer is Valkx en Van Kouteren uit Rotterdam. Het is een pneumatisch orgel met een open opstelling van het pijpwerk. Het tweede klavier bevindt zich in een zwelkast. Het orgel heeft een losstaande speeltafel op een betonnen tussenvloer boven de preekstoel. Op deze vloer bevinden zich ook de blaasbalgen in een houten afsluiting.

Na 1950 zijn geen pneumatische orgels meer gebouwd. Dit vanwege de lange luchtleidingen, waardoor de aanslag traag is. Tegenwoordig zijn bijna alle kerkorgels mechanisch. Het orgel van de Pelikaankerk is, evenals dat van de Leeuwarder Koepelkerk, een van de laatsten van het pneumatische type.

Het orgel heeft twee klavieren en pedaal (general crescendo pedaal voor zacht tot vol werk). Verder is het uitgerust met 20 registers en 8 speelhulpen. Daarnaast beschikt het over een zwelpedaal voor het tweede klavier.

Het stemmen van het orgel vindt eens per jaar plaats door de firma Bakker en Timmenga uit Leeuwarden.

In 1992/1993 zijn de ongeveer 1700 membramen vervangen en zijn pijpwerk en laden schoongemaakt. De oude membramen hebben dus bijna 60 jaar dienst gedaan!

Het orgel is in goede staat.